Écologie Microbienne

Lya a obtenu sa licence en Sciences de la Vie et de la Terre (SVT) à l'Université Bretagne Sud (UBS), où elle a ensuite poursuivi avec un master en Biotechnologie (Biomolécules, Micro-organismes et Bioressources). C'est lors de son dernier stage de master au Danemark qu'elle décide de se tourner vers des problématiques environnementales et continuer vers le monde de la recherche. Attirée par le projet du Dr. Lazar, elle a souhaité travailler sur les écosystèmes d'eaux souterraines.

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Ce projet doctoral porte sur les interactions entre microorganismes planctoniques dans les aquifères. Ceux-ci constituent des environnements difficiles pour la vie microbienne en raison de leur faible teneur en carbone organique et en nutriments, ainsi que de sources d'énergie limitées. Bien que les facteurs abiotiques (géochimie de l'eau, géologie, conditions de surface) contrôlent fortement ces communautés, ils n'expliquent qu'une faible partie de la variance microbienne observée. Ce projet examine donc l'hypothèse que les interactions biotiques (compétition, mutualisme, prédation) expliquent une part majeure de cette variance inexpliquée. Trois thèmes seront abordés. Le premier axe s'intéresse aux relations syntrophiques entre les microbes des eaux souterraines, ces associations métaboliques essentielles à la survie dans ces milieux pauvres en nutriments. Un second axe vise à étudier l'effet des facteurs abiotiques locaux sur la dynamique des populations, incluant leur évolution temporelle et les variations saisonnières liées aux conditions de surface. Le troisième axe du projet porte sur l'identification des chaînes et des réseaux trophiques présents dans ces écosystèmes. Pour répondre à ces objectifs, des méthodes culturales seront utilisées pour faire croître les microorganismes planctoniques, suivies de l'extraction d'ADN et d'ARN. Le séquençage d'amplicons permettra d'analyser la diversité des communautés archaea, bacteria et eucaryotes, et certains échantillons seront également utilisés pour reconstruire les génomes entiers des populations présentes.